O principal método de Ordenação externa é a ordenação por intercalação balanceada, que utiliza tanto da memória principal quanto a secundária para ordenar os dados de um arquivo.
Esse algoritmo consiste em ler o arquivo sequencialmente, carregando o máximo de registros possíveis na memória, ordenando-os na memória principal e então escrevendo-os em arquivos intermediários, formando blocos de registros ordenados nos arquivos. Após isso, os arquivos intermediários são lidos cossequencialmente e é feito o merge dos blocos dos arquivos sucessivamente em mais arquivos intermediários, até que se obtenha um único bloco ordenado no arquivo final. Com esse método de leitura, é possível ler apenas um registro de cada bloco intermediário por vez, tornando o número de registros do arquivo inicial irrelevante para o processamento.
Dado um arquivo contento registros, e uma memória principal com capacidade para até registros. A passada inicial sobre o arquivo produz blocos ordenados. Seja uma função tal que é o número de passadas para a fase de intercalação dos blocos ordenados, e seja o número de arquivos intermediários utilizados em cada passada, para uma intercalação com caminhos o número de passadas é dado por
Considerando a primeira passada pelo arquivo para formar os primeiros blocos ordenados, o número total de passadas pelo arquivo é dado por .