Os dispositivos de armazenamento secundário são geralmente block devices, isto é, a unidade mínima de armazenamento não são bytes, e sim grupos de bytes.
Além da formatação física do disco em setores, trilhas e cilindros, existe também uma formatação lógica, feita através de um Sistema de arquivos.
No disco, um Arquivo nada mais é do que uma sequência de bytes armazenados de forma contínua. Entretanto, para o sistema de arquivos um arquivo é na realidade um conjunto de páginas de disco. As páginas de disco são um conjunto de setores no disco, e são a unidade de transferência entre disco e memória principal pelo sistema operacional, ou seja, quando uma leitura ou escrita é solicitada ao sistema operacional, uma página inteira é lida ou escrita, independente do tamanho do arquivo de leitura ou da quantidade de dados a ser escrita. Além disso, o sistema operacional também fornece a abstração de posição corrente. A posição corrente no arquivo é uma abstração que permite especificar a partir de qual byte um arquivo deve ser lido ou escrito.
O fato dos arquivos serem gravados ao longo de blocos de disco gera um efeito colateral: a fragmentação interna. A fragmentação ocorre quando um arquivo não usa seu último bloco completamente, desperdiçando o espaço do resto do bloco. Como os blocos são as unidades endereçáveis do disco, um bloco deve conter apenas um arquivo, portanto o espaço restante de um bloco que não está sendo completamente utilizado não pode ser reaproveitada para nenhum arquivo.